A CT védelmi reléhez való csatlakoztatása számos fontos dologban különbözik a mérési alkalmazásoktól. A védelmi relék speciális pontossági osztályú CT-ket igényelnek, amelyeket úgy terveztek, hogy hibaállapotok esetén lineárisan működjenek, amikor a primer áram a névleges érték többszöröse lehet. A CT szekundert a megfelelő polaritással kell a relé árambemeneti kapcsaihoz csatlakoztatni a megfelelő irány- és differenciálvédelmi működés érdekében.
Az S1 és S2 másodlagos csatlakozásokat a kapcsolási rajzon k, illetve l jelű relé kapcsokhoz kell csatlakoztatni-. A differenciálvédelmi rendszerek esetében a polaritás beszabályozása kritikus fontosságú. Figyelembe kell venni a védett berendezés mindkét oldalára beáramló áramot az irányukhoz képest. Amikor a tényleges működés során hiba lép fel, a relének képesnek kell lennie megkülönböztetni a belső hibákat és az átmenő hibákat, és ez a megkülönböztetés teljes mértékben a helyes CT polaritástól és csatlakozástól függ.
A transzformátor differenciálvédelmében a CT-k csatlakoztatásakor figyelembe kell venni a teljesítménytranszformátor tekercskonfigurációja által bevezetett fáziseltolást. Ha az elsődleges transzformátor tekercs delta{1}}csatlakozik, az elsődleges CT-k általában csillaggal vannak csatlakoztatva; ha a szekunder transzformátor tekercs csillag-csatlakozik, a szekunder CT-k deltában vannak csatlakoztatva. Ez kompenzálja a 30 fokos fáziseltolódást, és biztosítja, hogy a relébe belépő áramok normál körülmények között fázisban legyenek-. Bonyolultabb helyzetekben külső közbeiktatott áramváltók (ICT) használhatók a szükséges arány- és fáziskorrekció eléréséhez.
A földzárlat-védelmi rendszerek is meghatározott CT-csatlakozásokra támaszkodnak. A közvetlen továbbítás 50/5 vagy 10/1 arányú CT segítségével földelt -fázisvédelmet biztosíthat. A kiegyenlítő fluxus relé a földelt-fázisú áramot egy fúvós- típusú CT segítségével érzékeli a három fázisvezető köré, ahol az áramok összegének általában nullának kell lennie. A maradék kioldó relé a háromfázisú CT-ből származó maradék áramot használja.
A védelmi rendszertől függetlenül ugyanazok az alapvető biztonsági szabályok érvényesek: a CT szekunder áramkört soha nem szabad nyitva hagyni, miközben primer áram folyik, és a szekunder áramkört egy ponton földelni kell. A huzalozás előtt a CT másodlagos{1}}feszültséget le kell zárni egy rövidre záró blokkon keresztül. Az összes külső áramváltó szekunder tekercsét földelni kell a földbuszra, és a CT szekunder tekercseket semmilyen körülmények között sem szabad-nyílva hagyni, ha primer áram folyik. A telepítés után ellenőrizze a polaritást a relé terhelés alatt mért áramainak megfigyelésével, vagy fázisszögmérővel az üzembe helyezés során.